Al in de zesde eeuw is het dorp ‘Rothulfuashem’ (Rudolfsheim) een dichtbevolkte plaats aan de oever van de getijdenstroom ‘Flieta’ ofwel Vliet. Rond 900 verschijnt er bij Rudolfsheim, onderdeel van het graafschap Holland, een verdedigingswerk - waarschijnlijk een volksburcht - waardoor de naam rond 1000 verandert in ‘Rinasburg’, het huidige Rijnsburg.
In de daaropvolgende vijf eeuwen is Rijnsburg bekend door de nauw met het Grafelijk Huis verbonden Benedictijner abdij voor adellijke vrouwen, in 1133 gesticht door Petronella van Saksen, de weduwe van graaf Floris II.
In de zeventiende eeuw ontstaat in het dorp de protestantse stroming van de Rijnsburger Collegianten. Wanneer in 1661 de joodse wijsgeer Baruch de Spinoza in conflict komt met zijn afkomst en de heersende godsdienstige opvattingen, strijkt hij neer in het tolerante Rijnsburg. Van 1661-1663 werkt hij er aan zijn levenswerk, de Ethica.
Het welvarende land- en tuinbouwdorp krijgt het zwaar als in de negentiende eeuw het tuinbouwgebied Westland de concurrentie inzet. De bloemenhandel en bloementeelt blijken de handel te kunnen redden en zijn inmiddels niet uit Rijnsburg weg te denken.